Au CIRAD, différents modèles de plantes et de cultures sont développés pour répondre aux enjeux posés par le changement climatique et la transition agro-écologique dans les pays du Sud.
AGAP institut est une unité mixte de recherche visant à l'amélioration génétique de l'adaptation des plantes cultivées aux contraintes des environnements de culture dans un contexte de transition agroécologique et de changement climatique. Au sein de cette unité l'équipe Phenomen utilise la modélisation intégrative des plantes et cultures pour concevoir des idéotypes varietaux ainsi que des optima du système Génétique-Environnement-Pratiques culturales.

Le développement, l'amélioration et la diffusion de ces modèles sont cruciaux pour l'intégration de données massives issues de dispositifs de phénotypage variés, pour l'étude des interactions entre la plante, son environnement et les différentes pratiques culturales, et la définition de nouvelles variétés adaptées aux futures contraintes.

Les modèles 3D de plante structure-fonction (FSPM) permettent d'intégrer de la connaissance fine sur la structure et le fonctionnement des plantes, alors que les modèles mécanistes de culture prédisent le rendement en considérant différents environnements et pratiques culturales. La modélisation de ces systèmes complexes requiert des connaissances en systèmes dynamiques, statistique et machine learning, infographie, théorie des graphes, visualisation et calculs distribués. Les modèles FSPM développés dans AGAP Institut et par des partenaires sur différentes plantes et cultures (annuelles, perennes, systèmes de mélange) sont diffusés internationalement à travers la plateforme open-source OpenAlea. Les principaux modèles de culture développés dans l'équipe (EcoMeristem, SAMARA et RiDev) visent à prédire le fonctionnement, la croissance et le rendement du riz et du sorgho à différentes échelles. Ils sont utilisés dans différents projets en Afrique, Asie et Amérique du sud.

L'ingénieur.e informaticien-ne en modélisation des plantes et des cultures devra répondre à quatre besoins majeurs actuels :
i. Le développement, la maintenance, et la diffusion des modèles de plantes et de culture développés dans AGAP Institut en lien avec les données acquises en propre ou dans des projets collaboratifs,
ii. L'intégration de nouveaux processus écophysiologiques dans ces modèles pour prendre en compte des situations et environnements variés,
iii. La formation et le support des modélisateurs et utilisateurs pour faciliter l'amélioration et l'applications des modèles en France et à l'étranger,
iv. L'amélioration des outils de développement partagés pour améliorer la reproductibilité, l'accessibilité des modèles et des données et leur intégration dans des plateformes.

Vous serez affecté.e au collectif PhenoMEn d'AGAP Institut et intégrerez le collectif de modélisateurs présents dans cette équipe.

Le poste est ouvert à des ingénieur.e.s informaticien.ne.s ayant une première expérience dans la gestion de projets informatiques. Les titulaires d'un doctorat peuvent candidater.

COMPETENCES principales :
1. Expert-e en développement logiciel et en gestion du cycle de vie du logiciel (compilation, versionnement, déploiement, test, documentation).
2. Montage et gestion de projets informatiques (si possible open source).
3. Bonne connaissance en science des données et calcul scientifique (gestion de données massives, workflows scientifiques).
4. Capacité à évoluer dans un monde scientifique pluridisciplinaire avec un goût pour le travail collaboratif, en équipe et l'animation de collectifs.
5. Capacité à travailler dans un contexte pluri-disciplinaire.

COMPETENCES INFORMATIQUES souhaitées :
1. Expert-e dans plusieurs langages de programmation (Python, C++) et en devops (CMAKE, CI/CD, Docker, git, conda).
2. Développement d'applications utilisateurs clientes et web (Qt, Node.js, wasm, Flask).
3. Déploiement d'applications sur des infrastructures distribuées (Cluster, Cloud).
4. Connaissance de l'environnement Jupyter et de l'écosystème scientifique Python.

CONNAISSANCES et EXPERIENCES qui seraient un plus :
1. Modèles structure-fonction, sol-culture ou autres modèles pour les sciences du vivant.
2. Expérience préalable de la formalisation mathématique et informatique de processus biophysiques.
3. Calcul parallèle ou distribué.
4. Infographie et modélisation 3D (Cuda, OpenCL, Vulkan, …).
5. Gestion de données scientifiques.
6. Animation ou contribution à des projets logiciels libres.