Contexte

Description de la future affectation

Domaine

Science - Mathématiques appliquées

Type de contrat

CDI

Intitulé

Ingénieur.e en développement pour la conception et la maintenance d'applications Web

Date de début

03/05/2021

Description du poste / de la mission

Vous souhaitez vous impliquer dans les missions de recherche et de coopération internationale du Cirad : rejoignez AGAP Institut, une unité mixte de recherche, pluridisciplinaire produisant des connaissances et construisant des stratégies d'amélioration variétale pour des agricultures durables dans les pays du Sud.

L'amélioration variétale fait face à de nombreux enjeux : adaptation, diversification, durabilité des systèmes, etc. Les programmes de sélection doivent aujourd'hui être conçus et conduits à l'interface de différentes disciplines, approches et acteurs. La modernisation des programmes de sélection fait appel à l'intégration de nombreux outils, données et connaissances tout au long du processus d'amélioration variétale. Cette évolution implique un besoin croissant en applications informatiques permettant de gérer et d'analyser les données associées aux programmes de sélection et d'analyse génétique.
Vous serez positionné.e au sein du plateau de bioinformatique de l'UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (AGAP institut), en relation étroite avec ses équipes de recherche, et notamment l'équipe Dynamiques de la Diversité, Sociétés et Environnements (DDSE) dans un premier temps. Vous aurez en charge la création et la maintenance d'applications Web dédiées au suivi des programmes d'analyses génétiques et de sélection à destination des généticiens et sélectionneur du CIRAD et ses partenaires. Plus spécifiquement, ses missions seront axées sur :

1. Le développement d'applications Web permettant d'accéder aux données de différentes natures (généalogique, génétique, phénotypique, géographique, etc.) mobilisables dans les programmes de création variétale et de les analyser. Ces applications comprendront notamment l'interfaçage de modules statistiques et de visualisation avec les bases de données de sélection (BMS, MusaGris, etc.), des outils de gestion des informations relatives aux zones génomiques d'intérêt (BMS/Gigwa/Genome Hubs), la contribution au développement d'une plateforme analytique NIRS ;
2. La contribution au développement de l'application de gestion de données de génotypage Gigwa ;
3. La contribution à l'intégration multi-omique par l'intermédiaire des Genome Hubs dans sa composante de support de décision pour les programmes de sélection ;
4. La maintenance et l'évolution de Florilège, portail Web du pilier végétal de l'infrastructure nationale RARe, et la contribution aux développements à mettre en place dans le cadre de l'infrastructure ARCAD.

Évolution
Au sein du plateau de bioinformatique, et dans la dynamique du réseau South Green, vous vous impliquerez graduellement dans la définition de la stratégie et des choix technologiques pour le développement d'autres applications scientifiques. Vous serez force de proposition sur des projets en relation avec des biologistes, agronomes, et auprès de collègues bioinformaticiens, en partenariat avec les pays du Sud.

Profil souhaité

Ingénieur.e ou master en informatique avec formation complémentaire et/ou expérience dans le domaine de la biologie.

Compétences requises :
• Développement d'applications Web (Java, PHP, Drupal, HTML, CSS, Javascript)
• Systèmes de gestion de bases de données (MySQL, PostGreSQL).
• Architecture REST-API
• Communication avec des non-informaticiens pour définir les besoins et y répondre
• Sens de la communication et du relationnel
• Interactions avec les partenaires du Sud et goût pour l'interculturalité
• Goût et capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire
• Maîtrise la communication orale et écrite en anglais et en français. Vous serez amené.e à présenter vos travaux dans des conférences nationales ou internationales
• Qualités d'adaptabilité, de motivation, d'autonomie, de proactivité, de rigueur méthodologique, de gestion des priorités et de sens de l'organisation

Compétences souhaitées :
• Développement R, R/Shiny, Python, VBA
• Notions de NoSQL (MongoDB)
• Concepts et méthodes d'ontologies
• Connaissances de base en génomique et en statistiques

Contraintes du poste

Travail sur écran + 4h

Poste ouvert aux

Cadre

Salaire base France, hors indemnités d'expatriation le cas échéant

27-37 K€

Localisation du poste

Localisation du poste

France

Précision sur la localisation (DR, ville)

Description complémentaire de la future affectation

Lieu de rattachement

Métropole

Demandeur

Renseignements sur le poste - Prénom

Gaétan

Renseignements sur le poste - Nom

DROC

Renseignements sur le poste - Email

gaetan.droc@cirad.fr