Vous intégrerez l'UMR BIOS-AGAP GABA en mission VSC pour les activités suivantes

La mission s'articulera autour de trois volets complémentaires : le phénotypage au champ, les activités de laboratoire et l'analyse des données d'imagerie.
1. Phénotypage au champ
· mettre en œuvre et évaluer des protocoles de phénotypage au champ sur des populations de bananiers présentant une diversité génétique et une diversité de réponses à la cercosporiose noire ;
· réaliser des acquisitions d'images et des observations phénotypiques sur les plantes ;
· participer au suivi des expérimentations, à l'enregistrement, à l'organisation et au contrôle qualité des données collectées ;
· échantillonner la diversité des symptômes observés afin de constituer des jeux de données représentatifs pour l'entraînement de modèles;
2. Activités de laboratoire
Le/la volontaire participera au phénotypage de composantes de la résistance liées à la sporulation du champignon.
· prélever et préparer les échantillons biologiques issus des expérimentations ;
· réaliser en Guadeloupe les différentes étapes de préparation des feuilles et le montage des lames microscopiques destinées aux acquisitions d'images ;
· contribuer, à partir des résultats obtenus après acquisition et analyse des images, à identifier d'éventuelles améliorations des étapes de préparation des échantillons.
3. Bioanalyse, traitement d'images et analyse des données
Une part importante de la mission concernera l'exploitation des données issues du phénotypage au champ et des acquisitions microscopiques.
· organiser et contrôler les jeux de données d'imagerie produits ;
· visualiser, annoter et contrôler la qualité des images ;
· identifier et quantifier les symptômes ainsi que les structures de sporulation du champignon à partir des images produites ;
· exécuter les workflows et outils de traitement et d'analyse développés dans le cadre du projet sur les données collectées,
· annoter des images afin de caractériser les symptômes et de contribuer à la constitution de bases d'images destinées aux méthodes d'analyse automatisée ;
· extraire et analyser les variables phénotypiques permettant de comparer les réponses des différents génotypes.
· extraire, structurer et analyser les variables quantitatives obtenues et réaliser les analyses statistiques nécessaires à la comparaison des génotypes
· Les scripts, workflows et modèles d'analyse sont développés au sein de l'équipe dans une démarche collaborative. Selon ses compétences et son intérêt, le/la volontaire pourra également contribuer à leur amélioration ou au développement de nouvelles fonctionnalités.
Vous serez également amené.e à :
· Mettre en forme les résultats et les restituer sous forme de rapport auprès de la coordination du WP1 du projet BANA+
· Contribuer, dans la limite du possible, au rayonnement scientifique du projet BANA+ par l'appui à la production de livrables, d'articles scientifiques, et/ou de supports de présentation des résultats

Formation de niveau Bac+5 : master ou diplôme d'ingénieur en sciences agronomiques, biologie végétale, amélioration des plantes, phytopathologie, bioanalyse ou domaine proche. Le poste s'adresse à une personne appréciant des activités diversifiées combinant expérimentation au champ, travail en laboratoire, imagerie et analyse de données.

Compétences biologiques et expérimentales
· Intérêt marqué pour la biologie végétale, l'agronomie et/ou la phytopathologie.
· Goût pour l'expérimentation et le suivi de dispositifs au champ.
· Capacité à réaliser des observations et des mesures de manière rigoureuse et répétable.
· Intérêt pour les manipulations de laboratoire et la préparation d'échantillons biologiques.

Analyse de données et informatique scientifique
Une part importante du poste concernera le traitement et l'analyse des données produites lors des expérimentations. Le/la candidat.e devra présenter une bonne appétence pour l'analyse quantitative et être capable de :
· manipuler et organiser des jeux de données scientifiques ;
· utiliser des outils d'analyse statistique ;
· utiliser des workflows ou logiciels de traitement et d'analyse existants et en interpréter les résultats ;
· travailler avec des outils informatiques en ligne de commande et/ou dans un environnement Linux ou sur cluster, ou être en mesure d'acquérir rapidement ces compétences.
· Une expérience avec R, Python, Fiji/ImageJ ou des outils équivalents sera appréciée. Le développement de scripts ou de modèles informatiques n'est pas une compétence indispensable pour le poste, mais une expérience en programmation constituera un atout.

Qualités recherchées
Vous êtes rigoureux.se, organisé.e et attentif.ve à la qualité et à la traçabilité des données. Vous appréciez aussi bien le travail de terrain et de laboratoire que l'analyse des résultats sur ordinateur.

Vous savez travailler de manière autonome tout en appréciant le travail en équipe et les interactions avec des chercheurs, ingénieurs et techniciens issus de disciplines différentes.

Vous êtes curieux.se, avez envie d'apprendre de nouveaux outils et souhaitez participer à un projet associant amélioration variétale, phytopathologie, imagerie et analyse de données.

Une aptitude au travail en conditions tropicales est nécessaire.

Permis de conduire B indispensable.

Le poste est ouvert aux personnes n’ayant jamais effectué de VSC ou ayant effectué un VSC d’une durée inférieure à 6 mois et aux personnes de nationalité Française, ressortissantes de l’espace économique européen ou ayant un titre de séjour régulier en France de plus d’un an ou sous certaines conditions.

Vous partagez les valeurs d'interculturalité, de partage des savoirs et de préservation de l'environnement ? Rejoignez-nous !